이 성당의 본래 이름은 성모 마리아 대성당이였지만, 이곳의 남쪽 탑에 마차시 후냐디(1458~1490) 왕가의 문장과 그의 머리카락이 보관되어 있기 때문에 마차시 성당으로 불리게 된다. 13세기에 이 자리에 세워진 부다의 첫 번째 교구 본당은 14세기에 고딕 양식으로 재건축되었는데, 공사가 채끝나기도 전에 오스만 제국이 침공했다. 그들은 부다성을 손에 넣은 뒤 마차시 성당을 모스크로 리모델링했다. 이 와중에 내부 제대 등은 모두 파괴되었고 벽면도 이슬람 고유의 아라베스크 무늬로 장식되었으며, 1686년에는 남쪽 탑과 지붕이 붕괴되기도 했다. 식민 지배가 끝난 뒤 바로크 스타일로 재건축되었던 이 성당은 19세기 말의 명성 높은 건축가인 프라제시 슐렉이 중세 폐허에서 발굴된 유품을 다시 사용해 본래의 고딕식 건물로 재건축했다. 그러나 제2차 세계대전 와중에 성당은 다시 심각한 피해를 입었고 전후 복구에만 20년이 걸렸다.
